« Selon la plupart des gouvernements occidentaux et de nombreux experts, les biocarburants produisent moins d’émission de CO2, l’un des principaux gaz à effet de serre et responsable des pluies acides. En effet, lorsque l’on utilise du pétrole, on libère du carbone qui était enseveli profondément dans le sol depuis des centaines de milliers d’années. Ce carbone provient de la décomposition de la faune et de la flore qui y avaient vécu auparavant. Par contre, les biocarburants émettent autant de carbone de l’ atmosphère que les plantes ont absorbé durant leur croissance. Le bilan est nul : les plantes absorbent du CO2 pour croître puis sont brûlées, elles libèrent alors du carbone qui sera à nouveau absorbé par les plantes qui sont à nouveau produites. Néanmoins certains professeurs d’université comme Tad Patzek ou David Pimentel pensent que le bilan est négatif : l’émission de carbone est supérieure à la consommation car, selon eux, d’autres facteurs ne sont pas pris en compte ou sont négligées. Parmi celles-ci citons, le carbone nécessaire à la fabrication des engrais, l’énergie nécessaire aux outils agricoles, à l’irrigation et à la fabrication des biocarburants.

La production de biocarburants peut aussi s’avérer non « écologique»  ou non durable, si les matières premières sont produites grâce à une agriculture intensive qui entraîne un épuisement des nappes phréatiques et pollution des eaux par l’usage d’engrais et pesticides. De plus, certaines personnes considèrent comme dangeureux l’usage de plantes OGM qui permettent d’obtenir de plus hauts rendements. Il n’y a pas que les plantes qui peuvent être modifiées génétiquement. Par exemple, dans la fabrication du bioéthanol, l’ADN des levures sont aussi souvent modifiées pour permettre une transformation plus rapide du sucre en éthanol.»  (Source : Wikipédia)

De plus, selon Novethic, « chaque litre d’éthanol produit 13 litres de résidus hautement polluants et rejetés dans les cours d’eau» . Par ailleurs, les cultures de canne à sucre, largement subventionnées par l’état brésilien, ont colonisé de nombreuses terres utilisées auparavant par de petits paysans, expulsés pour la « bonne cause» .